เรื่องราวของเต่านินจา หลังจากอยู่ในโลกมนุษย์มาหลายปี เหล่าพี่น้องเต่าก็เริ่มออกปฏิบัติการอย่างหาญกล้า เพื่อเอาชนะใจชาวนิวยอร์กและพวกเขาก็ได้รับการยอมรับในฐานะวัยรุ่นปกติ โดยมีเพื่อนใหม่ เอพริล โอนีล มาช่วยพวกเขาจัดการกับกลุ่มอาชญากรลึกลับ แต่ในไม่ช้า พวกเขาก็ตกอยู่ในสถานการณ์ลำบากเมื่อกองทัพมนุษย์กลายพันธุ์ถูกปลดปล่อยออกมา